Национальный музей Неаполя был построен в 1615 году. В плоть до 1777 года в здании национального археологического музея Неаполя располагался университет Неаполя. Потом это здание было реконструировано и перепланировано во времена короля Фердинанда IV. Позже был надстроен второй этаж.
На протяжении веков коллекция национального музея Неаполя непрерывно пополняется, благодаря раскопкам.
К 1816 году в здании национального музея Неаполя перенесли коллекцию Фарнезе. Также в этом музее располагалась экспозиция объектов, которые обнаружены на раскопках древних поселений рядом с Везувием.
В экспозиции музея представлены египетские древности. В которые входят две знаменитые коллекции — это коллекция кардинала Стефано Борджиа и Джузеппе Пикьянти.
Также в музее имеется коллекция настенных и напольных мозаик, которые появились в период со 2-го века до н.э. по 79 год н.э. Самая знаменитая и впечатляющая мозаика - это «Битва Александра Македонского с Дарием».
В национальном музее Неаполя широко представлена коллекция античных монет Рима и Греции, а также монет средневековья.
Национальный музей Неаполя. Секретный кабинет. Секретный кабинет основан в 1819 году. Здесь представлена коллекция фресок, рельефов, плиток с текстами эротического и даже порнографического характера. Раньше вход в тот кабинет был открыт только узкому кругу лиц и лишь на ограниченное время. А с 2000 года состоялось окончательное его открытие.